Sağlıklı bir beynin çalışması, beyin tarafından üretilen elektrik sinyallerinin frekanslarının, beynin çeşitli bölgelerinde gösterdiği etkiye bağlıdır. Cihaz tarafından verilen manyetik uyarıların belirli beyin bölgelerini uyarak aktive etmesi prensibine dayanır. Saçlı deriye çok yakın tutulan bir coil/bobin/makaradan yayılan tekrarlayan ağrısız uyarılar ile bir manyetik alan oluşturulması prensibiyle çalışır. Bir çeşit beyin uyarı yöntemi olan TMS, özel cihazlarla yoğunlaştırılarak beynin belli bölgelerine gönderilen manyetik atımların, bu bölgeleri uyararak beyin hücrelerini harekete geçirmesidir.

Son yıllarda TMS tedavisinin çeşitli araştırma alanlarında ve değişik nörolojik hastalıklarda kullanımına dair yoğun çalışmalar yayınlanmıştır. Örneğin bilişsel işlevlerin arttırılması, öğrenme ve hafıza performanslarının düzenlenmesi gibi. Beyin bölgelerini manyetik dalgalarla uyararak kronik ağrıların şiddetini azaltabilir. Alzheimer tipi demans başta olmak üzere tüm demans türlerinde, Parkinson hastalığı ve diğer hareket bozukluklarına, tedaviye dirençli baş ağrısında, inme veya beyin kanaması sonrasında gelişen konuşma bozukluğu, kuvvetsizlik durumlarında kullanılabilir.
TMS uygulaması güvenli ve ağrısızdır. Kolaylıkla uygulanır ve hastalar tarafından çok iyi tolere edilir. Oturarak uygulanır. Hastaya özel değerlendirmelere göre 10-15 seans uygulanır, her seans ortalama 40 dakika sürer. Saç traşı gerekli değildir, kafa derisi veya saçlarda herhangi bir etki bırakmaz.